История МСЦ ЕХБ начинается с 1960 года, с принятием ВСЕХБ двух нормативных документов, регулирующих церковную жизнь: «Новое положение ВСЕХБ» и секретное «Инструктивное письмо старшим пресвитерам». Этими документами на деятельность местных общин ЕХБ накладывались ограничения, основанные на установках властей по отношению к религии: так, запрещалось крестить людей до 18 лет, а старше этого возраста — лишь после сурового двух-трехлетнего испытательного срока; запрещалось проповедовать за пределами своей общины, а членам своей общины — только в молитвенном доме; запрещалось присутствовать на богослужениях в других общинах.
МСЦ ЕХБ и сегодня продолжает отказываться от государственной регистрации, что не противоречит законодательству России и республик бывшего СССР.
